Beroperasi sejak 1974, terdapat 1.384 perwira Pertamina yang diperkuat sekitar 945 tenaga ahli penunjang yang bekerja setiap harinya.
Kilang ini memproduksi BBM sebagai porsi utama dengan 65,6 persen. Selanjutnya avtur 15,3 persen, petrokimia 11,9 persen, Bahan Bakar Khusus (BBK) seperti Pertamax 5,3 persen, dan lube base oil 1,9 persen.
Sampai saat ini, kilang Cilacap mendapat suplai minyak mentah dari berbagai sumber domestik maupun impor. Total terdapat 27 sumber domestik seperti Banyu Urip, Duri, dan Minas, serta 26 sumber impor dari ALC, Saharan, hingga Cabinda.
Sebagai kilang terbesar, kilang ini memiliki kapasitas 348 ribu barel per hari atau 33,2 persen dari total produksi Pertamina. Selain itu, kilang Cilacap juga memiliki Nelson Complexity Index (NCI) 7,4 dan juga menjadi produsen avtur terbesar di Indonesia.
Saat ini, kilang Cilacap menjadi pionir produksi Sustainable Aviation Fuel (SAF) dari minyak jelantah. Di dalam kilang juga sudah terdapat fasilitas produksi Green Refinery untuk mengolah SAF yang juga memiliki sertifikasi International Sustainability and Carbon Certification (ISCC).